Veintitrés y yo (III)

Por Lluis Montoliu, el 25 febrero, 2020. Categoría(s): diagnóstico genético • ética • genética ✎ 2
Muchas personas, tras consumir espárragos, son capaces de percibir un olor ligeramente desagradable al orinar. Esta capacidad de oler un producto volátil metabólico, derivado de los espárragos, tiene una base genética. Fotografía: Lluís Montoliu

En este tercer artículo de la serie en la que estoy contando mi experiencia personal con los test genéticos de la empresa 23andme, tras relatar los resultados de mis ancestros (I) y de mi salud (II), me referiré a las características o rasgos de nuestro cuerpo que tienen una base genética y cuya manifestación o presencia puede inferirse, con una cierta probabilidad, a partir del análisis de algunos de los miles de SNPs/Polimorfismos que revisa esta compañía.

Probablemente el uso de estos test genéticos directos al consumidor para extraer información de rasgos físicos, comportamientos o características/capacidades de nuestro cuerpo sea el uso más recreativo, más informal, que esté asociado a este tipo de análisis genéticos de nuestro genoma. En general son rasgos que, el hecho de tenerlos o no tenerlos, no tiene mayor importancia. Por supuesto, estos datos sirven para conversaciones distendidas y divertidas con familiares y con amigos, para echarse unas risas hablando de temas curiosos, pero poco más. Por lo tanto, no pretendamos buscarle un objetivo mayor a esta parte de los análisis de características o rasgos de nuestro cuerpo. Y recordemos siempre que estamos trabajando con correlaciones, con probabilidades, no con certezas. Claro que existe un fundamento genético para la mayoría de estos rasgos, pero muy variable, en algunos casos más robusto que en otros, pero el cómo seamos no solo estará determinado por nuestros genes, sino también por nuestra interacción con el entorno y por nuestro estilo de vida.

Por ejemplo, la fotografía que ilustra este tercer artículo sobre mi experiencia personal con 23andme nos recuerda algo que mucha gente ya sabe. Que si orinas después de comer espárragos puede que detectes un olor algo desagradable, como a col en mal estado, a repollo podrido, o simplemente al olor de la col/repollo al cocinarse, que no todo el mundo es capaz de percibir. Este olor está relacionado con la producción de compuestos volátiles sulfurosos (como el metanotiol, el dimetil sulfuro, el dimetil disulfuro, el metilsulfonilmetano y otros) producto de la metabolización de los espárragos.  Y también sabemos que la percepción de este olor característico tiene un fundamento genético, aunque con un gran variabilidad. Piénsalo durante unos segundos y recordarás fácilmente si tus orines tienen un olor fuerte inesperado tras consumir espárragos o no. Y quizás ya hayas comentado el tema con familiares y amigos y sepas de otras personas que no perciben este olor nunca, frente a otras que sí manifestan percibirlo. Sabemos que la percepción de este olor tiene un fundamento genético desde hace muchos años. En 2016 un estudio determinó que el 58% de hombres y el 61,5% de mujeres eran incapaces de detectar este olor entre casi 7.000 individuos analizados, delimitando la base genética asociada a percibir (o no) este olor a más de 800 marcadores entre los que destacaban tres polimorfismos situados en el cromosoma 1, cerca de genes que codifican receptores olfativos de la familia 2.

23andme me dice que «es probable que yo sea capaz de percibir este olor«. Y, en efecto, lo percibo. Bingo! Acertó 23andme. Pero percibo el olor como la mayoría (79%) de clientes de esta empresa, frente a casi una quinta parte (21%) que son incapaces de percibirlo. De hecho, tengo la posibilidad de contestar a un sencillo test en mi ficha de resultados de 23andme, confirmando, o no, si soy capaz de detectar este olor. Mi respuesta serviría para refinar algo más los resultados del análisis genético de asociación masivo que ha realizado esta empresa con quienes han contestado a esta pregunta. De hecho, en 2010, el equipo de 23andme descubrió una elevada asociación de la percepción de este olor con el polimorfismo rs4481887, situado cerca del gen OR2M7, que codifica uno de los casi 400 genes de receptores olfativos que tenemos en nuestro genoma. El polimorfismo es A/G, puede haber una A o una G en esta posición del genoma, siendo la G la letra de referencia y la A la variante alternativa. Mi genotipo es A/G, luego tengo dos alelos distintos. Los genotipos A/A y A/G tienen mayor probabilidad de percibir el olor, mientras que el genotipo G/G tiene menor probabilidad, lo cual quiere decir que la variante A sería dominante, tal y como estableció el estudio de 23andme publicado en 2010. Pero al hablar de probabilidades y no de certezas quiere decir que hay gente que a pesar de tener los genotipos A/A y A/G no perciben el olor y gente G/G que sí puede percibirlo. Paciencia. Los estudios de asociación genética no son una ciencia exacta, sino que nos dan una cierta probabilidad. Por ejemplo, mi mujer, que también es A/G en este polimorfismo, no percibe el olor. Nuestro hijo y nuestra hija son también A/G y ellos sí que perciben el olor. Todavía bastante variable. Por lo tanto, de nuevo la interpretación de estos datos nos indican que no estamos ante certezas sino ante probabilidades. Y que la explicación genética de la percepción de este olor es algo mucho más complejo, que probablemente involucre una combinación de marcadores, de variantes génicas, además de este polimorfismo.

Porcentaje de clientes de 23andme de diferentes orígenes geográficos que son portadores de la variante A en el polimorfismo rs4481887 cuya presencia se asocia a tener una mayor probabilidad a percibir el olor de la orina tras consumir espárragos. Fuente: 23andme

23andme usa dos modelos para interpretar como determinados polimorfismos impactan en algún rasgo característico. En el caso del olor de la orina tras consumir espárragos, dado que hay una correlación fuerte entre la presencia de una variante en un polimorfismo y la percepción del olor, los resultados están basados precisamente en la detección del polimorfimo rs4481887 a partir de las respuestas de muchos de sus clientes (modelo supervisado), que afirman o niegan percibir este olor. La variante A esta presente en un 40-50% de europeos, sudamericanos, judios askenazis y personas de oriente medio, mientras que es mucho menos frecuente en afroamericanos y asiáticos. Podríamos decir que, globalmente, en Asia o África la percepción de este olor no estaría tan extendida como probablemente lo esté en Europa y Sudamérica. El modelo alternativo es predictivo estadístico, para rasgos o caracteres más complejos y multigénicos, hecho a partir de los resultados de muchos polimorfismos, frecuentemente centenares de ellos.

Qué otros rasgos o características genéticas revisa 23andme? Actualmente la empresa 23andme aporta datos de hasta 37 rasgos característicos con una base genética. Algunos de estos rasgos parecen listados en esta tablas a continuación, junto con la probable manifestación, o no, de los mismos inferida a partir de mis datos genéticos.

Algunos de los rasgos genéticos que analiza 23andme a partir del análisis de nuestros polimorfismos. Fuente: 23andme

La mayoría de estos rasgos entran en la categoría de características físicas que uno tiene o no, por lo tanto la confirmación de los mismos requiere algo tan complejo como… mirarse al espejo!. Por ejemplo, 23andme me dice que es probable que tenga poco pelo en la espalda (acertó); que es probable que no sea capaz de tararear o reproducir una melodía tras oirla (falló, me encanta la música, toco la flauta travesera y siempre he sido capaz de sacar melodías de memoria, solo escuchándolas); que es probable que no tenga la coronilla calva (acertó); que es probable que sea capaz de apreciar el sabor amargo de las coles de Bruselas o del Brocoli (acertó, no me gustan esas verduras por eso); que es probable que no haya tenido juanetes (acertó); que es probable que no tenga hoyuelos en las mejillas (acertó, no los tengo); que es algo más probable que no me guste el cilantro (acertó, no me gusta nada); que es probable que no tenga el mentón hundido (acertó); que tengo un 50% de probabilidades de tener caspa o no tenerla (no tengo, pero con esta predicción, es como jugar al rojo y al negro, aciertas siempre!); que es probable que tenga el lóbulo de la oreja separado (acertó); que tengo la probabilidad de que se me caiga el pelo a partir de los 40 (bueno, discutible, tengo unas entradas frontales considerables pero no me consideraría calvo y sigo luciendo melena si me dejo el pelo largo!); que es probable que tenga la cera de las orejas húmeda y pegajosa (no sabría deciros); que el color de mis ojos es marrón o avellana (casi acierta, tengo los ojos muy oscuros, casi negros); que es probable que no tenga miedo a las alturas (acertó, no tengo ni vértigo ni acrofobia); que es probable que no tenga miedo a hablar en público (acertó, me dedico regularmente a eso, como sabéis los que me seguís!); que es probable que mi dedo anular sea más largo que el índice (acertó); que es probable que tenga los pies planos (falló, no los tengo); que es probable que tenga pocas o ninguna peca (acertó, casi no tengo); que es poco probable que el color de mi pelo se aclare con el sol (acertó, lo tengo negro, y negro se queda, le de o no lo de el sol); que es probable que tenga el pelo liso o algo ondulado (acertó); que es probable que mi cabello no sea grueso (acertó, mi cabello es fino); que es más probable que prefiera el helado de vainilla al de chocolate (acertó, me encanta la vainilla, no elijo casi nunca chocolate); que es probable que el color de mi pelo sea oscuro (acertó, mi pelo es negro); que es probable que me disguste oir sonidos insoportables (como una tiza nueva sobre la pizarra, o un tenedor sobre un plato) (acertó); que es probable que me piquen los mosquitos menos que a otros (acertó, suelo ser de las personas a quienes no les pican los mosquitos); que es poco probable que me maree en un vehículo (acertó, no me mareo nunca); que es probable que tuviera poco o nada de pelo al nacer (no acertó, en las fotos del bautizo se me ve con pelo, aunque ciertamente no mucho); que es poco probable que tenga el reflejo de estornudar al salir de repente al sol (acertó, no tengo ese reflejo); que es probable que no sea pelirrojo (acertó); que es probable que tenga la piel clara (acertó); que es poco probable que tenga estrías en la piel (acertó); que es probable que prefiera la comida salada a la dulce (acertó); que es probable que el dedo gordo de mi pie sea el más largo (acertó); que es probable que no sea cejijunto (acertó); que es probable que me despierte a las 7:05 AM (exactamente eso es lo que pone el test) (acertó, es la hora que suelo despertarme, sea día laboral o festivo); y, finalmente, que es probable que no tenga «el pico de viuda» o el pelo de la frente formando un pico en el centro de la frente (acertó, no lo tengo).

Uno de los rasgos genéticos que predice 23andme es si la longitud de tu dedo anular es superior a la de tu dedo índice o no, como es mi caso. Fotografía: Lluís Montoliu

Resumiendo, de los 37 rasgos genéticos que analiza 23andme, en mi caso acertó en 35 de ellos, y realmente el que siento que ha acertado menos es solo uno, cuando me dice que es probable que no tenga un oído musical. Resulta increíble (aparentemente) que analizando 650.000 polimorfismos de mi genoma sea capaz de descubrir por lo menos 35 de 37 rasgos que me identifican. ¿Dónde está el truco? El truco está en la enorme cantidad de clientes que tienen estas empresas. De nuevo estamos ante un caso de análisis genéticos de asociación masivos, que se benefician de poder disponer de millones de individuos para cualquiera de estas predicciones. Muchísimos más que cualquier cohorte que cualquier investigador haya intentado analizar, que frecuentemente será de centenares o de unos pocos miles de personas. La fuerza de 23andme y de empresas similares está en el volumen de personas, la gran cantidad de datos que manejan, que hace que estén constantemente refinando el modelo predictivo (sobre todo en la mayoría de rasgos en los que la respuesta es binaria, lo tengo o no lo tengo), y en los que un análisis de millones de personas hace decantar el 50% inicial de las dos opciones hacia un lado u otro, si aparecen determinados polimorfismos cuya asociación con el rasgo en cuestión es significativa.

Hay algunos rasgos genéticos cuya asociación con determinadas variantes genéticas es bien conocida, como por ejemplo determinadas mutaciones (recesivas) en el gen del receptor de melanocortina de tipo 1 (MC1R) que determinan el carácter pelirrojo. En este caso 23andme verifica tres polimorfismos: rs1805007, rs1805008 y rs1805009, que están asociados a cambios en la proteína MC1R en las posiciones R151C, R160W y D294H, respectivamente. Yo tengo CC, CC y GG en estos tres polimorfismos, que corresponden, todas, a las variantes típicas. Es decir, prácticamente ninguna posibilidad de ser pelirrojo ni de transmitir el caracter pelirrojo.

O en el caso del color de los ojos usan un solo predictor, el polimorfismo rs12913832, situado cerca de los genes OCA2 y HERC2, y que puede tener dos variantes A (la típica) o G (la variante). Los genotipos AA o AG suelen estar asociados a ojos marrones u oscuros. El genotipo GG suele estar asociado a ojos claros, azules o verdes. Yo tengo el genotipo AA. Pero recordemos que es necesaria la actuación conjunta de nada menos que 650 genes en vertebrados para lograr fabricar pigmento, así pués, ninguna de estas variantes concede certeza absoluta, tan solo correlaciones y probabilidades.

Pero hay otros rasgos genéticos en los que encontrar la base científica de la asociación es bastante más complejo. ¿Qué hay detrás de todos estos datos? ¿Cómo puede predecir si tengo oído musical o no? ¿Cómo puede saber si me levanto a las siete de la mañana o no? Veamos tres ejemplos.

Tomemos por ejemplo el rasgo de tener o no tener oído musical. Ser capaz o no de sacar una melodía y repetirla tras escucharla una sola vez. 23andme dice que ha identificado nada menos que 529 polimorfismos asociados con la capacidad de tener o o no buen oído musical. La empresa tiene en cuenta todos estos factores genéticos, junto con el género y la edad para determinar una cierta probabilidad de que el sujeto tenga o no oído musical. La capacidad predictiva de este modelo estadístico predictivo es relativamente baja. El parámetro que sirve para verificar la fuerza de esta predicción se llama AUC (del inglés «area bajo la curva»), un parámetro que oscila entre 0,5 (azar total, 50% de probabilidad de tener o no tener un caracter) y 1 (determinismo total, 100% de probabilidad de tener o no tener un caracter). Adivinad: ¿cuál es el AUC de esta predicción, que es uno de los pocos rasgos que no ha acertado 23andme? Pues este rasgo tiene un AUC de 0,58, es decir cercano al azar. ¡Casi que lo sorprendente hubiera sido que hubiera acertado! De hecho, clientes con un perfil genético parecido al mío, el 59% no tienen oído musical y un 41% sí lo tienen.

¿Cómo pueden predecir si soy una persona que prefiere la mañana a la noche? Que me levanto hacia las 7 de la mañana? Han encontrado 450 polimorfismos asociados a este estilo de vida mañanero o nocturno, a partir de las respuestas de muchos de los clientes de 23andme. Y luego han tenido en cuenta el factor género, edad y grupo poblacional. El modelo estadístico predictivo que obtienen tiene una R2 de 16,1%, es decir este es el porcentaje de variación del rasgo que es capaz de explicar el modelo. O, lo que es lo mismo, no puede explicar el 84% de variación que se observa. Unos valores muy bajos predictivos. Así que en este caso el acierto ha sido casi por puro azar.

La «Coupe Chez Leon» del famoso restaurante con el mismo nombre original de Bruselas. Ahora entiendo por qué me encanta esta copa de helado en el que predomina la nata y la vainilla. 23andme tiene parte de la respuesta. Fotografía: Lluís Montoliu

¿Cómo pueden saber que prefiero el helado de vainilla al de chocolate? 23andme, a partir de los datos genéticos de 840,000 clientes y de sus respuestas ha logrado identificar 739 marcadores asociados a preferir vainilla sobre chocolate. Entre los polimorfismos detectados se encuentran marcadores cercanos a dos genes que codifican para receptores olfativos, pues el olfato y el gusto son dos sentidos muy relacionados. Estos genes son OR10A6 y OR5M8.  De nuevo el modelo tiene una capacidad predictiva limitada, con un AUC de 0,58. Es decir, tenía algo más de probabilidad de acertar pero podría haber fallado perfectamente.

23andme logra saber de nosotros gracias a combinar los datos genéticos y las respuesta de muchos clientes, de millones de ellos. Así, la sensación que obtiene uno al leer los resultados de los rasgos genéticos y sus predicciones es algo parecida a ir a ver un espectáculo de un mago-adivino a una feria o un circo, que nos dirá lo que queramos oir, y que aprovechará sabiamente algún dato que observe o que le contemos en una conversación informal previa para luego contarnos algo sobre nosotros que ya sabemos o ya le hemos dicho o dejado entrever (p.e. nuestros polimorfismos genéticos y su asociación con determinados rasgos), pero que nos sorprenderá que nos lo cuente alguien a quien, en principio, no conocemos de nada. Y por ello nos dejará boquiabiertos y acabaremos aplaudiendo encantados.

Para terminar 23andme también nos aporta predicciones relativas a nuestro bienestar y estilo de vida, con una serie de 8 caracteres de base genética que tienen a ver con el deporte, la dieta y el sueño, y que aparecen a continuación en la siguiente figura.

Ocho caracteres relativos al bienestar y estilo de vida (deporte, dieta, sueño) que también nos predice 23andme. Fuente: 23andme

Los ocho caracteres adicionales que 23andme revisa tienen que ver con el deporte, la dieta y el sueño. Incluyen rasgos como si te pones rojo y mareas tras beber una sola copa (es poco probable que yo tenga esta respuesta, acertó); que sea un gran consumidor de cafeína (no lo soy, con un café diario por la mañana funciono, pero el test predice que es probable que lo sea, falló); que es probable que tenga un sueño profundo (acertó, duermo como un lirón en cualquier sitio y cuando me pongo caigo dormido rápidamente); que es probable que pese menos que la media (aquí me temo que falló, aunque probablemente el mejorable estilo de vida que llevamos algunos investigadores y las dietas de comer casi siempre fuera de casa tengan mucho más que ver que la predisposición genética); que es probable que sea intolerante a la lactosa (falló, no lo soy, pero me sienta mejor la leche sin lactosa, como a todo el mundo entiendo); que mis músculos es probable que sean de respuesta rápida (carreras de 100 metros, tiradores de peso o de jabalina) más que de resistencia (corredores de maratón) (acertó, siempre me gustaron las respuestas explosivas en atletismo, y no las de resistencia); que es probable que pese lo mismo consuma o no dietas con grasas saturadas (quizás, no lo tengo yo muy claro); y que el movimiento de mis ojos durante el sueño es probable que tenga valores promedio o inferiores a la media (no lo sé, no me veo mientras duermo!). Observaréis que estos caracteres son ya mucho menos predecibles y en ellos afecta de forma mucho más importante que en los anteriores la interacción con el entorno, la alimentación y el estilo de vida, parámetros que no están incorporados en la predicción basada en variantes genéticas de genes de determinados enzimas con una mayor o menor capacidad de digerir o procesar una determinada substancia.

Concluyo este tercer capítulo sobre rasgos genéticos subrayando que, en lo que respecta a rasgos genéticos, 23andme no nos dirá nada nuevo que no supiéramos ya, pero el mero hecho de que sea (algo) probable que algunas/muchas de estas predicciones de estos rasgos binarios (lo tengo/no lo tengo) se cumplan hace que sea extraordinariamente agradable y gratificante para los clientes de estas empresas descubrir que estas empresas son capaces de detectar muchos de nuestros rasgos, derivados de las variantes genéticas que portamos en nuestro genoma, pero que para confirmarlos no tenemos más que… ¡mirarnos al espejo!.

El siguiente y último (IV) artículo de esta serie de comentarios, en los que estoy relatando mi experiencia con los test genéticos de 23andme, estará dedicado a los datos sobre familiares.

 

NOTA: No tengo ninguna relación comercial con las empresas a las que me refiero en este artículo, más allá de ser uno de los más de 10.000.000 de clientes que ha utilizado sus servicios para obtener información genética sobre su genoma. En este artículo ni aconsejo ni desaconsejo usar estas empresas, simplemente expongo mi opinión a partir de los resultados obtenidos y en función de otros comentarios y artículos publicados sobre este tema. Cada persona es por supuesto libre de decidir si quiere usar los servicios de estas empresas o no, tras leer este y otros muchos artículos similares que existen disponibles sobre esta temática. 



2 Comentarios

  1. Está resultando muy interesante esta serie. Es increíble que se ofrezca ya este servicio (vivimos en tiempos increíbles) y según vayan refinando y combinándolo aún más con big data va a ser dificil que las grandes empresas que todo lo quieren saber no traten de acceder a estas bases de datos.

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Por Lluis Montoliu, publicado el 25 febrero, 2020
Categoría(s): diagnóstico genético • ética • genética
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